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Post-doctoral Research Fellowship (BIPD)- (m/f)BIOPOLIS2025-31 UID/50027 Job description: Job: A Post-doctoral Research Fellowship (BIPD) Reference: BIOPOLIS 2025-31 Main research field: Biological Sciences A Post-doctoral Research Fellowship (BIPD) ( Reference BIOPOLIS 2025-31) on the scope of the project UID/50027-Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, supported by National Funds through FCT-Fundação para a Ciência e a Tecnologia at Associação BIOPOLIS to work on population genomics and adaptation of introduced rabbit populations. Main research field: Biological Sciences (or related scientific fields). Eligibility Requirements: Candidates must hold a PhD in Biology, Genetics or a related scientific field in the Natural Sciences. They should also demonstrate strong skills in next-generation sequencing (NGS) analysis and coding experience with R, Python and Bash. They should have experience with high-computational frameworks and running analyses on servers or clusters. They should be experienced in bioinformatic pipelines for NGS data processing, including whole-genome and exome capture, assembly of complex genomic regions such as MHC with high-throughput data, variant calling, variant graph, phylogenetic inference, and admixture analyses, as well as GWAS and additional methods for inferring selection with genomic data, correlation of genomic variability with environmental variables. Experience and familiarity with European rabbits as a biological model will also be valuable. Proficiency in written and spoken English is an essential criterion. The candidates' PhD must have been obtained within the last 3 years, and with the celebration of the new contract, they cannot complete 36 months as a postdoctoral fellow. The PhD must have been developed in a different institution. Working plan: The selected candidate will be integrated into the Evolutionary Genetics and Genomics – EVOLGEN group at Biopolis-CIBIO. The primary focus of the project is to investigate the population genomics of rabbit populations in Europe and Australia, to identify potential targets for selection resulting from adaptation to novel, introduced environments. The candidate will be responsible for processing and analysing whole-genome and exome data from over 500 individuals across multiple introduced rabbit populations and preparing one manuscript to be submitted to a journal in the field with an impact factor. Applicable Legislation : Law nº.40/2004, 18th August (Research Fellow Statute) amended and republished by Decreto-Lei n.º 123/2019, 28th August; FCT Regulation for Research Studentships and Fellowships (https://www.fct.pt/financiamento/programas-de-financiamento/bolsas/) Workplace: The work will primarily be carried out at the CIBIO-InBIO, with the possibility of spending time in other institutions. Duration of the fellowship: The fellowship will have a duration of 6 months , with the possibility of renewal for an additional period. Monthly stipend: Monthly stipend is € 1 851,00 according to the stipends established by FCT, I.P. in Portugal (http://alfa.fct.mctes.pt/apoios/bolsas/valores). Payment will be made by bank transfer monthly. The successful candidate will also be entitled to the reimbursement of Social Security payments (Seguro Social Voluntário) and accident insurance. Selection criteria: The jury panel will select the best candidate, from those meeting the eligibility requirements above, based on his/her merit, through the analysis of: Overall appreciation of the Curriculum Vitae – maximum three pages (80%) and Motivation letter -maximum one page (20%). The candidate should also provide the contact information for two academic references, who may be contacted for feedback about the candidate during the evaluation period. If considered justifiable by the jury, the top candidates from the provisional ranking will be invited for an interview (accounting for 30% of the total score), either in person or via video conference, to finalise the ranking. The jury may not award the fellowship if the candidates’ CVs do not align with the desired qualifications. Jury composition: The Jury will be chaired by Dr. Miguel Carneiro (CIBIO), with Dr. Joel Alves (CIBIO) and Dr. Soraia Barbosa (CIBIO) as effective members, and Professor Nuno Ferrand (CIBIO) as substitute member. Publicity and communication of results: All candidates will be informed by email about the result of their application. Expect starting date: 1 st August 2025 Application: The call for applications is open between 23/06/2025 e 07/07/2025. The applications are formalised at the electronic address https://www.cibio.up.pt/en/jobs/ , with the following documents in a digital form, in PDF format: a) Curriculum vitae (including academic training and professional career, a publication list, other relevant information in the context of the project research goals, email address and copies of certificates of academic degrees); – maximum three pages b) Motivation letter (including a brief description of research experience, why the candidate is suitable for the announced position, and whether he/she might be interested in continuing to work in this scientific field in the future) – maximum one page. c) It is mandatory to indicate the contact information for two academic references, who may be contacted for feedback about the candidate during the evaluation period _______________________________________________________________PT______________________________________________________________________________ Posição: Bolsa de pós-doutoramento (BIPD) Referência: BIOPOLIS 2025-31 Área de investigação: Ciências Biológicas Uma Bolsa de Investigação Pós-Doutoral (BIPD) ( Referência BIOPOLIS 2025-31 ) no âmbito do projeto UID/50027-Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, apoiado por Fundos Nacionais através da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia, na Associação BIOPOLIS, para trabalhar em genómica populacional e adaptação de populações introduzidas de coelho. Principal área de investigação : Ciências Biológicas (ou áreas científicas afins). Requisitos de Elegibilidade: São elegíveis candidatos que detenham um doutoramento (PhD) em Biologia, Genética ou área científica afim das Ciências Naturais, obtido há menos de três anos e desenvolvido numa instituição diferente daquela onde irá decorrer a bolsa, não podendo, com a celebração do novo contrato, ter ultrapassado 36 meses de experiência como investigador pós-doutoral. É imprescindível demonstrarem domínio de análise de sequenciação de nova geração (NGS) e experiência de programação em R, Python e Bash, assim como familiaridade com processos de elevado desempenho computacional e execução de análises em servidores ou clusters. Devem possuir experiência em pipelines bioinformáticas para processamento de dados NGS — incluindo genomas completos e sistemas de capture de exomas (capture-sequencing), reconstrução de regiões genómicas complexas (por exemplo, MHC), identificação de variantes (variant-calling) incluindo variant graph, inferência filogenética, análises de admixture e estudos de associação genómica (GWAS) — bem como métodos para inferir seleção com dados genómicos e corelacionamento de variação genómica com variáveis ambientais. Ter experiência ou familiaridade com o coelho-europeu (Oryctolagus cuniculus) como modelo biológico será valorizado, e a proficiência em inglês escrito e oral constitui um critério essencial. Plano de trabalho: O candidato selecionado será integrado no grupo de Genética Evolutiva e Genómica – EVOLGEN, no Biopolis-CIBIO, dedicando-se sobretudo ao estudo da genómica populacional de coelhos em populações introduzidas na Europa e na Austrália, com o objetivo de identificar potenciais alvos de seleção resultantes da adaptação a novos ambientes. Ficará responsável pelo processamento e análise de dados de genómicos/exoma de mais de 500 indivíduos de diversas populações de coelho introduzidas, assim como pela preparação de um manuscrito a submeter a uma revista da área com fator de impacto. Legislação aplicável: Lei n.º 40/2004, de 18 de agosto (Estatuto do Bolseiro de Investigação), dada pelo Decreto-Lei n.º 123/2019, de 28 de agosto; e Regulamento da FCT para Bolsas de Estudo e Local de trabalho: As atividades decorrerão principalmente no CIBIO-InBIO, com possibilidade de passar períodos em outras instituições parceiras. Duração da bolsa: 6 meses, renovável por igual período. Valor da bolsa: A bolsa mensal é de € 1 851,00, conforme os valores fixados pela FCT, I.P. em Portugal ( http://alfa.fct.mctes.pt/apoios/bolsas/valores ), paga por transferência bancária. O candidato selecionado terá ainda direito ao reembolso das contribuições para a Segurança Social (Seguro Social Voluntário) e a um seguro de acidentes pessoais. Critérios de seleção: Os critérios de seleção baseiam-se no mérito, através da análise do Curriculum Vitae (máximo de três páginas; 80 %) e da carta de motivação (máximo de uma página; 20 %). Se o júri o considerar justificável, os candidatos mais bem classificados do ranking anterior serão convocados para uma entrevista (que terá uma valorização de 30 % do valor total), presencial ou por videoconferência, para determinação da classificação final. O júri reserva-se o direito de não conceder a bolsa caso os perfis não correspondam às exigências do concurso. Composição do júri: O Júri será presidido pelo Dr. Miguel Carneiro (CIBIO), com os Drs. Joel Alves e Soraia Barbosa (CIBIO) como membros efetivos e o Prof. Nuno Ferrand (CIBIO) como membro suplente. Publicidade e comunicação dos resultados : A classificação das candidaturas será publicada em local visível e público das instalações da Instituição, sendo todos os candidatos informados por e-mail sobre o resultado da sua candidatura. Data esperada de início da bolsa : Espera-se que a bolsa tenha início a 1 de agosto de 2025. Processo de candidatura : O período de candidaturas decorrerá entre 23/06/2025 e 07/07/2025. As candidaturas são formalizadas no endereço eletrónico https://www.cibio.up.pt/en/jobs/ , com os seguintes documentos em formato digital, em formato PDF: a) Curriculum vitae (máximo de três páginas), incluindo formação académica, percurso profissional, lista de publicações, outras informações relevantes para os objetivos do projeto, contacto de e-mail e cópias dos certificados de habilitações académicas; b) Carta de motivação (máximo de uma página), com breve descrição da experiência em pesquisa, justificativa da adequação ao cargo e eventual interesse em continuar nesta área científica no futuro. C) É também obrigatório indicar contactos de duas referências académicas.