Job Opportunities API

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Vid IMBIM bedrivs grundforskning inom biokemi, cell- och molekylärbiologi, tumörbiologi, jämförande genetik, funktionell genomik, immunologi, bakteriologi, och virologi. Institutionens forskning är huvudsakligen grundläggande, men har i sin tillämpning tydlig koppling och betydelse för hälsa och sjukdom hos såväl djur som människor. En närmare beskrivning finns på Forskning – Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi – Uppsala universitet. Anställningen är placerad i Petzold-gruppen, som studerar RNA:s struktur, dynamik och funktion med NMR-spektroskopi, kemisk probning och beräkningsbaserade metoder. Projektbeskrivning Projektet syftar till att förstå hur RNA:s struktur och dynamik bidrar till genreglering i den cellulära miljön. Särskilt fokus ligger på att utveckla och tillämpa in-cell-NMR för att kvantifiera RNA:s konformationsdynamik, inklusive utbytet mellan grundtillstånd och exciterade tillstånd, direkt i levande mänskliga celler. Med utgångspunkt i enzymatisk cirkularisering av RNA, för att motverka intracellulär nedbrytning, samt i optimerad relaxationsbaserad datainsamling (selektiv excitation, SOFAST och R1ρ-relaxationsdispersion), ska projektet kartlägga hur den cellulära miljön formar den strukturella ensemblen hos biologiskt relevanta RNA-molekyler. Arbetsuppgifter Arbetet är huvudsakligen experimentellt (laboratorie- och NMR-arbete) och innefattar: Framställning och rening av isotopmärkta RNA- och DNA-prover för NMR (in vitro-transkription, storskalig produktion samt enzymatisk cirkularisering av RNA-hårnålar) Införande av nukleinsyror i mänskliga cellinjer (t.ex. elektroporering) och beredning av in-cell-NMR-prover, inklusive kontroller för cellviabilitet och läckage (supernatantkontroll) Insamling och optimering av lösnings-NMR-experiment för nukleinsyror, inklusive imino proton-detektion med selektiv excitation/SOFAST och mätning av longitudinell relaxation (selT1) Mätning av RNA-dynamik med 1H- och 15N-R1ρ-relaxationsdispersion för att kvantifiera populationer, utbyteshastigheter och kemiska skift för exciterade tillstånd, in vitro och in-cell Kvantifiering av intracellulär nukleinsyrakoncentration och subcellulär lokalisering Bearbetning, kurvanpassning och analys av relaxations- och dispersionsdata Dokumentation och presentation av resultat Arbetet sker i nära samarbete med experimentella och beräkningsinriktade forskare i gruppen. Kvalifikationskrav Den sökande ska ha en masterexamen inom strukturbiologi, biofysik, biokemi, kemi, molekylärbiologi eller närliggande område. Dokumenterad praktisk erfarenhet av biomolekylär NMR samt av framställning av RNA- och/eller DNA-prover för strukturstudier krävs. Erfarenhet av in-cell-NMR av nukleinsyror Erfarenhet av RNA-dynamik, relaxationsdispersion (R1ρ) och analys av exciterade tillstånd Erfarenhet av enzymatisk RNA-produktion och cirkularisering samt isotopmärkning Erfarenhet av däggdjurscellodling och elektroporering/transfektion Vana vid NMR-pulssekvenser och dataanalys (t.ex. TopSpin, kurvanpassning) Vetenskapligt skrivande och publikationer Den sökande ska vara analytisk, noggrann och ha god samarbetsförmåga. Mycket goda kunskaper i engelska, i såväl tal som skrift, krävs. Om anställningen Tidsbegränsad anställning t.o.m. 2027-08-31. Omfattning på heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala. Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Katja Petzo